В существительном чистота написание безударного гласного в корне слова проверят однокоренные слова "чИстый", "чИстить", "чИстильщик".
Произведем разбор слова "чистота" на составляющие его морфемы:
чист-от-а
корень/суффикс/окончание
В суффиксе существительных -от всегда пишется буква о. Этот суффикс прослеживается в словах: доброта, красота, темнота.